リーク人は、惑星グラディウスの南半球側に住む唯一の民族であった。彼らの生活形態は原始的ではあったが、他の種族と一線を画するサイコパワーを持っていた。リーク人の持つサイコパワーは、リーク・パワーと呼ばれ、あらゆる動力機器及び生体のエネルギー源として利用可能であることが知られていた。この特異で強靱なパワーは、常に体内に保有する強力で特殊なマグネティック・イオンによって維持され、それゆえ自然界に存在する多種雑多な宇宙線を極度に嫌い、比較的宇宙線量の少ない南半球に住居を求めたのであった。しかし、帝国政府は、原始的な彼らリーク人の存在を憂い、認知を拒否していた。
「北十字戦」におけるグラディウス本星への攻撃で、リーク人居住地域への直接攻撃はほとんどなかったが、流れ弾の爆発時に放出される宇宙放射線の影響によって多くのリーク人が死亡した。この戦いのあと、生き残ったリーク人はわずか12人。しかし、復興に手間取る帝国政府の救助活動がリーク人に及ぶことはなく、その後4名が死亡した。この時を期して、リーク人の帝国に対する不信と憎悪は急速に増大していった。
生き残ったリーク人の中で、もっとも帝国に対して憎悪を抱いたのはヴェノムであった。しばらくして、彼は仲間ら4人と共に帝国政府のある北に向かい、やがて音信は絶えた。こうして残ったリーク人は3名となり、その中にジェイムズ=バートンがいた。ジェイムズは当時3歳、両親を北十字戦で失った孤児であった。
グラディウス歴6645年、リークパワーの研究に着手していたグラディウス帝国宇宙科学庁は、そのパワーの分析と利用価値に関する報告書を完成、その重大性から、リーク人の早期認知を帝国政府に答申した。
この報告に基づき、政府はリーク人の正式認知を決め、リーク人保護政策を打ち出したのに続き、大掛かりなリーク人実態調査を実施した。
しかし、帝国に対して不信感を抱くリーク人たちは、帝国の保護政策に反発、リークパワー研究のため宇宙科学庁に収容されたジェイムズを除く全リーク人が、まもなく帝国政府のもとを去った。ジェイムズは、将来の帝国宇宙空軍への参加を志し、宇宙科学庁に残った。
ヴェノム長官指揮のもと、エネルギー効率を飛躍的に改善するための「ハイパーシステムII」が開発され、このシステムをリークパワーエンジンに応用したサイキック・リークパワー推進装置が実用化されるに至った。国防省は、次期超時空戦闘機への本推進装置の本格的採用を決め、宇宙科学庁は最新鋭超時空戦闘機「メタリオン」の開発に着手した。
そのような状況の中で帝国政府は、ヴェノムの宇宙科学庁長官就任に対して秘かな疑惑を持ち始め、ヴェノム長官周辺の調査を実施した。時を同じくして、宇宙科学庁内部のリーク人とグラディウス人との対立は静かに、しかし確実に進行していった。
やがてその対立は、宇宙科学庁と帝国政府間の対立へと発展する様相を見せ始め、グラディウス歴6664年、ついに宇宙科学庁によるクーデター勃発に至ったのである。
グラディウス歴6666年、惑星グラディウスのネオ・スペースプラント7惑星からの通信が一斉に途絶えた。いわゆる「サイレント・ナイトメア事件」である。帝国政府の調査により、何者かによる侵略であることが判明した。同年後半、侵略の兆候がグラディウス本星へと及ぶに至り、事態は急速に緊迫の度を増していった。侵略者は、バクテリアンの手により復活したヴェノムであった。
ヴェノムは、皇帝ラーズによって惑星サードに追放されたのち、バクテリアンの荷担により惑星シンへと逃れた。バクテリアンは、ヴェノムの野望を利用することで、惑星グラディウス侵攻の実現を狙っていた。バクテリアンは、ヴェノムに対してリーク人特有の超能力を最大限に引き出すため、大掛かりなサイボーグ手術を施した。
惑星シンにベースを構えた真性ヴェノムは、7つのスペースプラントを次々と侵略し、今まさにグラディウス本星に魔の手を延しつつあった。
グラディウス帝国政府は、新開発スペース・ファイター「メタリオン」の出動を決めた。しかし、エネルギー増幅システムに不安材料のある「メタリオン」を駆っての出撃は冒険であった。ヴェノムの持ち出した「バイオ・コンピュータ・システム」とのリンクを試みながら、ヴェノム艦隊を撃ち倒さなければならない。その重要かつ困難な使命を帯びたパイロットに、帝国政府首脳は、「ビッグバイパー」の元パイロットでありヴェノムと同じリーク人のジェイムズ=バートンを指名した。
カウントダウンが発進管制基地に響き渡る。・・・爆裂音!地響きと共に、「メタリオン」が発進。
惑星グラディウスの命運をかけた闘いが、いま始まった。